我药学子 || 中国药科大学“90后”博士生创建冠状病毒资源数据库平台助推科研

记者了解到，冠状病毒资源数据库（CRB）尽管从建立到完善仅仅才32天，但数据库中整合的文献资源数却不容小觑。截至3月22日，数据库里共收集了9556篇英文研究文献、3052篇中文研究文献、25个英文数据资源平台、6个中文数据资源平台以及18个与病毒学相关的主要分析工具等等。

海量的冠状病毒数据信息虽说全面详实，但也会带来分类整理的难题。为了让国内外科研工作者在浩如烟海的数据库中不至于晕头转向，孙庆荣博士团队特意将数据库页面以中文和英文分别展示，清晰划分为两大板块，即“国内冠状病毒研究”和“国际冠状病毒研究”。在这两大板块下又设有多个子栏目，这些子栏目分别涵盖了冠状病毒发现至今的所有相关研究报告和综述性论文、冠状病毒所有数据资源系统（平台）、与病毒学相关的分析工具以及冠状病毒相关专利信息等。

值得一提的是，数据库中的研究报告和综述性论文均以时间轴为核心编排展开，从最早的1965年起开始追踪，直到2020年，时间跨度长达55年，从而最大限度地方便科研工作者基于时间顺序查阅相关文献资料，快速了解冠状病毒在每个年份的研究现状和进程，以此追根溯源，深入探究。

一个资源数据库的建立并不是资料盲目整合的过程，开发者需要对资料进行筛选，冠状病毒资源数据库（CRB）也不例外。记者了解到，面对从20世纪60年代至今的海量文献研究资料，孙庆荣博士团队并不是简单地进行全盘收纳整合，而是有的放矢，剔除了一些评论性以及策略性文章，只保留了学术研究、学术综述、病例解析、数据平台、分析工具等相关内容，这样能够更好地集中有效学术资源，既精准覆盖又全面科学，真正为冠状病毒科研工作服务。

为什么要开发创建冠状病毒资源数据库（CRB）？当谈及数据库的开发初衷时，孙庆荣博士坦言，这一开发灵感主要来源于自己的导师。

据了解，孙庆荣是中国药科大学药理学专业博士生，师从德国科学院院士、中国药科大学校长来茂德教授。孙庆荣博士期间外派至浙江大学基础医学院生理病理中心进行结直肠癌转移过程中基因突变的研究，主攻方向为肿瘤生物信息学大数据。

在教学过程中，来茂德教授时常勉励他的学生：“对于一名科研工作者，要时刻在脑子中想着科研，因为你时刻惦记着它，它才会时常给你惊喜。”正是出于对新冠肺炎疫情的时刻惦记，来茂德教授从医药大数据的角度出发鼓励学生们多进行新冠病毒的相关研究，包括基础的多序列比对、进化分析以及新冠病毒重要靶点ACE2蛋白的分析等。

由于是跨领域研究，孙庆荣坦言在研究过程中发现自己对病毒的前期研究和分析策略不能做到像在研究肿瘤方面那么娴熟。于是，在导师来茂德教授的鼓励下，他便萌生了开发创建一个整合冠状病毒资源和相关研究数据库的想法，方便病毒学专业以外的科研人员从事相关研究。

于是，在疫情形势严峻、各自居家隔离的情况下，孙庆荣博士与来自中国药科大学药学、临床药学、中药学、生物制药等多个专业的11位志同道合的本科生迅速组建了“CPU-病毒组”团队，大家一起查阅文献、整理资料、搭建网站，开始了冠状病毒资源数据库的组建工作……

孙庆荣博士坦言，冠状病毒资源数据库（CRB）的建立是一个并不轻松的过程，在数据库服务器基础环境的构建、数据整合、信息展示等环节都曾遇到过各种各样的困难。

“数据库服务器基础环境建设需要相关专业人员才能实现，数据的整合需要人工检索、筛选，工作量巨大。还有一些图书馆资源的问题，也需要专业人士的帮助。除此之外，疫情期间均需要各自居家工作，由于团队成员家庭网络的差异，大家的网络最优时段也不同，协调统一会有点难度。”

面对诸多的“拦路虎”，孙庆荣博士并没有退缩。他通过对数据板块合理的规划，高效引领着团队进行数据收集和整合。对于国内资源，由于数量相对较少，他们采用人工检索为主的方式对中国知网和万方数据库进行逐一排查；对于国外资源，他们采用API和人工检索相结合的方法，实现数据的整合及入库。为了让大家更方便快捷地看到信息，他们解析了其他数据平台的数据传递接口，以建立平台直达原始数据库的快捷通道。团队不少小伙伴克服了种种现实困难，实现了异地协调统一，高效率地完成了每天的工作任务。

此外，孙庆荣博士特别感谢导师来茂德教授与该校图书与信息中心老师们的悉心指导和大力支持。“团队的建立、基础环境构建、数据库的测试，若是没有老师们的帮助，我们根本完成不了的。” 

当记者问及整合这些庞大数据是否觉得枯燥时，孙庆荣博士微微一笑：“因为喜欢所以快乐，不会枯燥。”

据了解，中国药科大学是孙庆荣梦想开始的地方，也是他的初心所在。凭借着自己对药学科研的孜孜追求和不懈努力，孙庆荣一路考研考博，现正在专攻自己最感兴趣的专业方向。“我真的很幸运，因为药大提供了优越的科研条件，导师给予了我悉心指导和热情帮助，学院和辅导员又提供了无微不至的关怀和照顾，才使我一路追梦，从没放弃。”

孙庆荣表示，这次开发数据库的经历给了他在药物研究方面很深的启发。不仅深入了解了冠状病毒发展史，更在学科融合的过程中开拓了视野，收获了自己在肿瘤生物信息学大数据研究领域内的新思路。“了解病毒的机制才是药物研发的开始。只有通过对病毒机制的大量研究，才能加速推进药物筛选疫苗研发，造福人类健康事业。”

孙庆荣感叹道，自己虽不能到抗“疫”前线，但作为一名药学科研工作者，希望能利用专业所长为疫情防控尽自己的一份绵薄之力，希望把其他领域的思维转化到病毒学领域，从而推动各领域科研工作者对冠状病毒进行全方位、多角度的深层次研究和探讨，助力国内外科研工作者早日攻破新冠病毒，也希望全世界人民都能尽快渡过难关、战胜疫情。

据悉，下一阶段，孙庆荣博士团队将不断对数据库平台进行资源更新，并加入更多数据分析以及与冠状病毒相关药物的数据资源。

文章来源 / 中国教育在线

责编 / 陈杨

审核 / 杨婉